北海市港务管理局按照中共北海市委办公室、北海市人民政府办公室《北海市港务管理局职能配置内设机构和人员编制规定》（北办发〔2002〕54号）赋予的职责，统一行使全市港口行政管理职能。2002年7月4日，北海市人民政府任命李东风兼任市港务管理局局长(已不再兼任)，任韦宏同志、乔桂荣同志为北海市港务管理局副局长。内设机构有办公室、规费财务科、计划基建科、港政科，事业编制16名。经筹建，北海市港务管理局于2003年3月30日正式挂牌成立。2005年9月27日《北海市人民政府关于徐相波等同志任免职的通知》（北政干[2005]17号）任徐相波同志为北海市港务管理局局长。
    北海市港务管理局严格履行《中华人民共和国港口法》以及《港口经营管理规定》、《港口危险货物管理规定》、《船舶引航管理规定》、《港口设施保安规则》、《港口大型机械防阵风防台风管理规定》、《港口深水岸线标准》等国际公约及法律法规赋予的职责，认真贯彻落实港口规划与建设、港口市场监管、港口安全监督等方面的行政管理.