锦州市港口与口岸局为市政府所属的正县级事业单位，参照公务员制度管理。人员编制50名，机关设办公室、规划建设处等八个职能部门，下辖锦州港引航站、锦州水运工程质量监督站、锦州航运处三个事业单位。

　　锦州市港口与口岸局囊括了十大职能。其中之一，即负责对锦州、阜新、朝阳、葫芦岛地区水上运输船舶、海上设施、船舶维修业及船用产品设备进行检验。此外，该局还负责制定辖区内港口布局规划及港口总体规划，编制并组织实施中长期发展规划及年度计划。

　　锦州市港口与口岸局是在锦州港务局行政管理职能的基础上，纳入原政府办公厅的口岸管理职能、原交通局的航政管理职能合并组建而成的。原先的锦州港务局既是锦州港口事业的行政管理机构，又是国有独资企业，政企不分的管理体制已明显滞后于港口与口岸的发展步伐，逐渐显现出与港口发展的不适应和不协调。